아가사 박사의 집에서 예전의 살던 집에 배달 온 우편물을 정리하던 코난은 모리야 테이지 교수에게서 날아온 가든파티 초대장을 발견한다. 하지만 그는 어린아이가 된지라 '쿠도 신이치'로써는 파티에 갈수 없었기 때문에 란에게 부탁해 코고로와 그녀의 집에 살고있다는 코난이란 아이(본인)와 셋이서 다녀오라고 한다. 란은 부탁을 들어주는 조건으로 5월 3일 토요일날 같이 영화를 보자는 조건을 내걸었고 코난은 곤란하다며 거절했지만 란의 완고함에 결국 그러자고 했다.

그런데 가든 파티를 다녀온 다음날, 시내 화약창고에서 대략의 폭약을 도둑맞은 사건이 발생했고 이후부터는 유명 건축물이 방화로 붕괴됐고 범인은 신이치의 휴대폰으로 폭탄이 설치되었다는 전화를 걸어오면서 메구레 반장과 새로 온 신참 시라토리 형사를 비롯한 경찰들은 폭탄테러 사건을 막기위해 쉴새없이 병원, 지하철 역 등등을 뛰어다닌다. 그리고 뜻하지 않은 사고로 병원신세를 지게 된 코난 역시 어른들 몰래 범인을 추리하던 중 놀라운 진실을 알게된다.